Στις αρχές της δεκαετίας του 1950 υπήρχε η αίσθηση ότι ο λιμένας είχε σχετικά αποκατασταθεί και ως ένα μικρό βαθμό εκσυγχρονισθεί. Στην κατεύθυνση εξορθολογισμού της λειτουργίας του λιμανιού συγχωνεύτηκαν οι δύο μέχρι τότε δημόσιοι οργανισμοί, δηλαδή η ΕΖΘ και το ΛΤΘ, σε ένα νέο δημόσιο οργανισμό με την επωνυμία Οργανισμός Ελευθέρας Ζώνης και Λιμένος Θεσσαλονίκης, ΕΖΛΘ.
Ο νέος οργανισμός ξεκίνησε της εργασίες του στις 5 Δεκεμβρίου 1953 με την εκλογή προέδρου και αντιπροέδρου. Τις εργασίες του οργανισμού κήρυξε ο Ανδρέας Στράτος Υπουργός Γενικός Διοικητής Βορείου Ελλάδος της κυβέρνησης Ν. Πλαστήρα. Πρόεδρος εκλέχθηκε ο Σταύρος Αντωνιάδης, εκπρόσωπος του Εμπορικού Συλλόγου, και αντιπρόεδρος ο Μιχαήλ Σακάρης, κεντρικός λιμενάρχης. Με την εκλογή του Αντωνιάδη επιβεβαιώνεται η παράδοση από το 1923 να βρίσκεται στο τιμόνι του οργανισμού ο εκπρόσωπος του Εμπορικού Συλλόγου Θεσσαλονίκης. Στις 7 Δεκεμβρίου 1953 εκλέχθηκε η Εκτελεστική Επιτροπή, ενώ συγκροτήθηκε ενιαίος αριθμός πρωτοκόλλου για τους δύο οργανισμούς. Επίσης, αποφασίστηκε ότι ο τύπος της σφραγίδας της ΕΖΛΘ θα είναι ίδιος με την ΕΖΘ, δηλαδή θα εικονίζεται ο Ερμής και γύρω ο τίτλος ΕΖΛΘ.
Στη συνέχεια αποφασίζεται ότι ο αρχιμηχανικός του τέως ΛΤΘ θα προΐσταται των Τεχνικών Υπηρεσιών οι οποίες πλέον θα θεωρούνται μία. Επίσης, η Υπηρεσίες Ασφαλείας συγχωνεύτηκαν υπό κοινή εποπτεία. Τέλος, η Υπηρεσία Γερανών του τέως ΛΤΘ "εφόσον ασχολείται με τας φορτοεκφορτώσεις" θα ενοποιηθεί με την αντίστοιχο Κομιστική Υπηρεσία της πρώην ΕΖΘ, ενώ το τεχνικό μέρος "ήτοι της συντηρήσεως, επισκευής κλπ των γερανών" θα ανήκει στην αρμοδιότητας της Τεχνικής Υπηρεσίας. Το μεγάλο τεχνικο-οικονομικό ζήτημα που έπρεπε να επιλυθεί επίσης ήταν ο καθορισμός του τρόπου διαχείρισης του νέου οργανισμού. Συγκεκριμένα υπήρχαν δύο "εν λειτουργία" προϋπολογισμοί και δύο διαφορετικά λογιστικά συστήματα. Το ΛΤΘ ακολουθώντας τη νομοθεσία των λιμενικών ταμείων δεν διαθέτει δικό του ταμείο και διενεργεί τις συναλλαγές του μέσω της Τράπεζας της Ελλάδας. Αντίθετα, η ΕΖΘ είχε μια σχετική αυτοτέλεια διαθέτοντας δικό της Ταμείο δια του οποίου εξυπηρετούσε τις πληρωμές της. Επειδή ήταν δημοσίου δικαίου οργανισμοί απαιτούταν να συγκροτηθεί ενιαίος προϋπολογισμός ο οποίος θα πρέπει να εγκριθεί από το κράτος, αλλά μέχρι τότε θα έπρεπε να λειτουργεί ο οργανισμός με δύο προϋπολογισμούς. Επίσης, αποφασίζεται να εφαρμοστεί το διαχειριστικό σύστημα της διπλής εγγραφής το οποίο παρουσιάζει "επιστημονική αρτιότητα " και είχε συνταχθεί με τις εντολές ανωτέρων υπαλλήλων του Υπουργείου Οικονομικών και του Ελεγκτικού Συνεδρίου. Ίσχυε από 15 Μαΐου 1934 και είχε κυρωθεί με ιδσάταγμα στις 15 Μαΐου 1934 και δεν παρουσίασε κανένα πρόβλημα σύμφωνα με τον Διευθυντή της ΕΖΘ Χαράλαμπο Μιχαηλίδη. Μέχρι την ενοποίηση των δύο λογαριασμών, ο ένας θα φέρει τον τίτλο "Ελευθέρα Ζώνη και Λιμήν Θεσσαλονίκης τέως ΕΖΘ" και ο άλλος "Ελευθέρα Ζώνη και Λιμήν Θεσσαλονίκης τέως ΛΤΘ". Ταυτόχρονα, το ΔΣ ορίζει προσωρινό αναπληρωτή γενικό διευθυντή τον Χαράλαμπο Μιχαηλίδη, διευθυντή της τέως ΕΖΘ για τις αρμοδιότητες της ΕΖΘ και τον διευθυντή του ΛΤΘ Σωτήριο Κουκίδη για τις αρμοδιότητες του τέως ΛΤΘ. Ένα βασικό ζήτημα που αντιμετώπισε το νέο ΔΣ ήταν τα προβλήματα οικονομικής διαχείρισης που προέκυψαν κατά την εκκαθάριση του ΛΤΘ και για τα οποία κατηγορήθηκαν στελέχη του για ατασθαλίες. Ο ισολογισμός του έτους 1953-1954 θα έχει έλλειμμα 773.418.398 δρχ τα οποία θα καλυφθούν από τα ενεργητικά υπόλοιπα των προηγούμενων ετών. Στο ΔΣ της 7ης Ιανουαρίου 1954 συμμετέχει ο τότε υπουργός Δημοσίων Έργων Κωνσταντίνος Καραμανλής ο οποίος χαρακτηρίζεται από τον πρόεδρο του ΔΣ Σταύρο Αντωνιάδη πρωτεργάτης της ενοποίησης των δύο οργανισμών. Σκοπός της συμμετοχής του υπουργού ήταν η επίλυση εκκρεμών ζητημάτων του οργανισμού που προέκυπταν από την ενοποίηση. Στις 19 Φεβρουαρίου 1954 ανέλαβε πρώτος Γενικός Διευθυντής της ΕΖΛΘ ο πολιτευτής και τέως βουλευτής τότε Απόστολος Αηδονάς.Στις 26 Μαρτίου 1954 ο Κωνσταντίνος Καραμανλής θα συμμετάσχει σε μια ακόμη συνεδρίαση του ΔΣ ΕΖΛΘ. Ο γενικός διευθυντής αναφέρει το έργο και τα σχέδια της διοίκησης του νέου οργανισμού. Με τη λήξη του 1954 οι δύο προϋπολογισμοί, της ΕΖΘ περί 10 δις και του ΛΤΘ περί 8 δις θα ενοποιηθούν σε ενιαίο κανονισμό με βάση τον υπό κατάρτιση Κανονισμό Οικονομικής Διαχείρισης. Σύμφωνα με έκθεση του προέδρου ΔΣ Σ. Αντωνιάδη οι διαφορετικές καταστάσεις διοικητικής και υπαλληλικής αγωγής οι οποίες επικρατούσαν στους δύο οργανισμούς καθώς και οι ατασθαλίες στο ΛΤΘ κατέδειξαν την ανάγκη εκτεταμένης μελέτης πριν την κατάρτιση νέου Οργανισμού Υπηρεσιών και για αυτό παρατηρήθηκε καθυστέρηση στη σύνταξή του. Τον Ιούλιο του 1954 ολοκληρώθηκε το Σχέδιο του οργανισμού και αφού εγκρίθηκε από τη Γενική Διοίκηση Βορείου Ελλάδας κατατέθηκε στις αρχές Αυγούστου στο Υπουργείο Δημοσίων έργων. Ο οργανισμός δεν είναι ούτε πολύ συγκεντρωτικός ούτε υπερβολικά αποκεντρωτικός. Κατέληξαν στη δημιουργία τριών Διευθύνσεων, δηλαδή Ελευθέρας Ζώνης, Οικονομικών Υπηρεσιών και Τεχνικών Υπηρεσιών. Αρχικά αποφασίστηκε να μην υπάρχει αυτόνομη Διεύθυνση Διοικητικών Υπηρεσιών και να υπάγονται απευθείας στον Γενικό Διευθυντή. Τελικά βέβαια θα συγκροτηθεί αυτόνομη Διεύθυνση Διοικητικών Υπηρεσιών. Οι οργανικές θέσεις της ΕΖΘ ήταν 245 και κάποιες έκτακτου προσωπικού. Συνολικά, όμως ήταν 193 υπάλληλοι. Το ΛΤΘ διέθετε 69 άτομα τακτικό προσωπικό, 10 ημιμόνιμο και 41 έκτακτο προσωπικό, συνολικά 114. Και οι δύο οργανισμοί διέθεταν την ημέρα της συγχώνευσης 438 οργανικές θέσεις. Πολλές οργανικές θέσεις των δύο οργανισμών ήταν κενές εξαιτίας των διαφόρων απαγορευτικών διατάξεων για τις προσλήψεις. Για αυτό το λόγο οι υπάλληλοι που υπηρετούσαν ήταν 377. Μέχρι το Νοέμβριο του 1954 έφυγαν συνολικά 74 χωρίς να προσληφθούν άλλοι προς αντικατάστασή τους. Ο νέος οργανισμός προέβλεπε 300 οργανικές θέσεις, δηλαδή 138 θέσεις λιγότερες. Ο Κανονισμός Οικονομικής διαχείρισης του ΕΖΛΘ εφαρμόστηκε από 1 Ιουλίου 1954. Επίσης, πραγματοποιήθηκαν μια σειρά έργα, όπως επισκευή στάβλων, αποπεράτωση υποστέγου Λάνκασάιρ, επισκευή κρηπιδότοιχου Γιουγκοσλαβικής Ζώνης, κ.α Το λιμάνι συνεχίζει να αντιμετωπίζει προβλήματα στις φορτοεκφορτώσεις κυρίως των ιστιοφόρων πλοίων, τα μέσα εκφόρτωσης δεν επαρκούν και δεν είναι κατάλληλα. Ο λιμένας διαθέτει όμως πλωτό γερανό και γερανούς ξηράς, αλλά δεν γίνεται μεγάλη χρήση τους στις φορτοεκφορτώσεις. Οι μεταφορές κρίνονται ικανοποιητικές καθώς η μηχανοποίηση των μεταφορικών μέσων ξηράς με πλατφόρμες και ελκυστήρες έλυσε σημαντικά προβλήματα επιταχύνοντας τη διακίνηση των εμπορευμάτων. Τα εργατικά χέρια χαρακτηρίζονται επαρκή. Δεν υπάρχουν αρκετοί γερανοί ξηράς, ενώ τα 14 περονοφόρα οχήματα κρίνονται επαρκή. Η ΕΖΛΘ δεν έχει παρά μερική αρμοδιότητα στις φορτοεκφορτώσεις και τις μεταφορές του λιμένα. Η ευθύνη της ΕΖΛΘ περιορίζεται στα υποκείμενα φόρων μόνο εμπορεύματα στην περιοχή της Ελευθέρας Ζώνης, "δηλαδή κινητά και από Sotto Palago, δηλαδή από της πλευράς του πλοίου και εντεύθεν." Αντίθετα, "αι εκφορτώσεις εντός του πλοίου, αι γνωσταί ως εργασίαι κύττους, ως και όλαι αι εκφορτώσεις και μεταφοραί εις τον Ελεύθερον Λιμέναν υπάγονται εις την αρμοδιότητα του Γραφείου Εργασίας Λιμένος". Τον Νοέμβριο του 1954 η διοίκηση της ΕΖΛΘ αμφισβητεί κατά πόσο αυτή η κατάτμηση ωφελεί την οργάνωση του λιμένα. Επίσης, σημαντική θεωρείται η δημιουργία Silos και η προμήθεια μηχανημάτων εκφόρτωσης σίτου. Τέλος, ένα μεγάλο μέρος των στάβλων αποκαταστάθηκε από τις καταστροφές του πολέμου.
Τα πρώτα μεταπολεμικά χρόνια χαρακτηρίζονται ως περίοδος αποκατάστασης κυρίως ζημιών. Κατά την επόμενη περίοδο συμπληρώθηκε η αποκατάσταση των ζημιών, αλλά κυρίως δόθηκε βάση στην επέκταση και τον εκσυγχρονισμό του λιμένος. Στα μέσα της δεκαετίας του 1950 επισκευάσθηκαν το Τελωνειακό Κτήριο και οι 3 και 4 διώροφες αποθήκες συνολικής επιφάνειας 6.000 τ.μ., οι Στάβλοι και το Σιδηροδρομικό Δίκτυο. Για την βελτίωση της λειτουργίας των εσωτερικών μεταφορών, η ΕΖΘ προμηθεύτηκε 6 ελκυστήρες και 33 ειδικά ρυμουλκούμενα οχήματα οργανώνοντας ειδική υπηρεσία ενδομεταφορών. Εγκαταστάθηκαν δύο γερανογέφυρες ανυψωτικής ικανότητας πέντε τόνων η κάθε μία οι όποιες μπορούν να χρησιμοποιηθούν για την συναρμολόγηση μηχανημάτων και αυτοκινήτων. Αγοράστηκε νέος αυτοκίνητος γερανός 3 τόνων. Κτίστηκε από το ΛΤΘ αποθήκη πάνω στην προβλήτα Λάγκασαιρ επιφάνειας 3500 τμ και όγκου 40.0000 κμ. με χρήματα από την ECA. Επεκτάθηκαν τα κρηπιδώματα, ανεγέρθηκαν νέα παραλιακά υπόστεγα, νέες σιδηροδρομικές γραμμές, ανακαινίστηκε και συμπληρώθηκε το οδικό δίκτυο. Τέλος, από το 1953 και έπειτα το κτίριο της ΠΑΕΓΑ επαναλειτουργεί ως αποθήκη της Προνομιούχου Ανωνύμου Εταιρείας Γενικών Αποθηκών Ελλάδος.
Το λιμάνι εξοπλίστηκε με γερανούς, ρυμουλκά θάλασσας και ξηράς, περονοφόρα οχήματα, υδροφόρα, ζυγιστήρια, ηλεκτρικό φωτισμό και σύστημα ραδιοκατεύθυνση. Συγκεκριμένα, για την διευκόλυνση του είσπλου και του έκπλου των πλοίων από τα τέλη του 1959 λειτουργούσαν οι δύο ραδιοκατευθυντήρες.
Στο χώρο των παλιών Ψυγείων κατασκευάστηκαν με χρηματοδότηση από το σχέδιο Μάρσαλ νέα εντελώς σύγχρονα. Το έργο παραδόθηκε τον Μάιο του 1958. Τέλος, με πρωτοβουλία της κυβέρνησης κατασκευάσθηκε στα 1960 νέα σύγχρονη Ιχθυόσκαλα, ώστε να εξυπηρετείται το εγχώριο και υπερπόντιο ιχθυεμπόριο. Όλη αυτήν την περίοδο η διάθεση των πλωτών μέσων εξυπηρέτησης του εμπορίου και των ναυτιλιακών πρακτορείων, δηλαδή φορτηγίδες, ρυμουλκά, πλοηγικά κ.α. ανήκουν στην ΑΕ Μεταφορών «Ποσειδών». Ωστόσο, οι διαθέσιμες φορτηγίδες δεν καλύπτουν τις ανάγκες της φορτοεκφορτωτής κίνησης, πρόβλημα που τίθεται διαρκώς στην Εταιρία «Ποσειδών», χωρίς όμως να επιλύεται.
Με αυτά τα κυρίως λιμενικά έργα, το λιμάνι απέκτησε σύγχρονη μορφή. Την δεκαετία του 1950 ο χερσαίος χώρος της ΕΖΘ ανερχόταν στα 210.000 τμ και διαιρούταν σε δύο τμήματα, το Ανατολικό και το Δυτικό. Στα 1960 η συνολική χερσαία έκταση του λιμένα έφτασε τα 500.000 τμ., εκ των οποίων τα 150.000 τμ χρησιμοποιούνταν ως ανοιχτοί αποθηκευτικοί χώροι. Διαθέτει τέσσερις προβλήτες και μία υπό κατασκευή.
Στο ανατολικό τμήμα εντασσόταν η σημερινή πρώτη προβλήτα, η οποία ονομαζόταν Ανατολική προβλήτα ή Λιμένας των Ελευθέρων ή των Εγχωρίων. Χρησιμοποιείται από τα σκάφη της ακτοπλοΐας μέσου συνήθως εκτοπίσματος. Διακινούνταν τα εγχώρια προϊόντα, προερχόμενα και προοριζόμενα για το εσωτερικό, τα εγχώρια ελεύθερα εμπορεύματα, δηλαδή μη υποκείμενα σε δασμό, τα εκτελωνισμένα σε άλλο λιμάνι και προωθούμενα στο λιμάνι της Θεσσαλονίκης. Πάνω στην πρώτη προβλήτα βρίσκονταν τα κεντρικά γραφεία της ΕΖΛΘ, το υγειονομείο Λιμένος, το Δ΄Τελωνείο Μεταφοράς και Εξαγωγής, το Στ΄ Τελωνείο, αίθουσες αποσκευών και το Τμήμα Ελέγχου Διαβατηρίων, το Κεντρικό Λιμεναρχείο Θεσσαλονίκης, τέσσερις παραλιακές αποθήκες. Η νηοδοχή ανάμεσα στην προβλήτα Α και Β ονομαζόταν λιμένας Γκρισγουωλντ και χρησιμοποιούταν αποκλειστικά για την φορτοεκφόρτωση των εμπορευμάτων εξωτερικού, δηλαδή για τα υποκείμενα σε τελωνειακούς δασμούς εμπορεύματα. Κάποιες φορές όμως διενεργείται φόρτωση εγχώριων προϊόντων διακινούμενων μέσω της Ελευθέρας Ζώνης για το εξωτερικό. Καταπλέουν πλοία ποντοπόρα μεγάλης χωρητικότητας από όλα τα σημαντικά λιμάνια του κόσμου. Εκεί βρίσκεται το Μέγαρο του Τελωνείου, όπου στεγάζονταν τα Τελωνεία, οι Αποθήκες, υπαίθριοι χώροι αποθέσεως εμπορευμάτων, οι βιομηχανίες της Ελεύθερης Ζώνης, χώροι επικίνδυνων φορτίων, τα φυλάκεια ασφάλειας. Το συγκρότημα των Ψυγείων, τα Γραφεία των Διευθύνσεων Οικονομικών Υπηρεσιών και Ελεύθερης Ζώνης. Στη νηοδοχή δυτικά τη 2η προβλήτα βρίσκονταν τρεις ηλεκτροκίνητοι γερανοί, δύο αποθήκες εύφλεκτων, το μηχανουργείο, το συγκρότημα των Στάβλων και ακάλυπτοι αποθηκευτικοί χώροι. Η δεύτερη προβλήτα ήταν ο λιμένας της Ελευθέρας Γιουγκοσλαβικής Ζώνης.
Το Δυτικό Τμήμα αποτελούταν από την σημερινή τρίτη και τέταρτη προβλήτα. Η τρίτη προβλήτα ονομαζόταν Λιμένας Λάνκασάιρ στην οποία ανήκε και η νηοδοχή ανάμεσα σε αυτήν την προβλήτα και την δεύτερη προβλήτα. Εκεί, υπάρχει το διώροφο λιμενικό υπόστεγο, υπόστεγα αποθηκευτικού χώρου, ανοικτοί χώροι για την αποθήκευση γαιάνθρακα, μεταλλεύματος, ξυλείας κλπ. Επί της προβλήτας βρίσκονταν οι εγκαταστάσεις πέντε ηλεκτροκίνητων γερανών κινουμένων πάνω σε σιδηροτροχιές, μια διώροφος μεγάλη αποθήκη και μία μονώροφη. Στη νηοδοχή δυτικά χρησιμοποιούταν τότε ως ακάλυπτος αποθηκευτικός χώρος. Εκεί κατασκευάστηκε το SILO και τρεις νέες αποθήκες. ενώ βρίσκονταν οι εγκαταστάσεις των υγρών καυσίμων διαφόρων εταιριών, ανάμεσα στις οποίες και η ESSO PAPPAS. Το 1962 ολοκληρώνεται η τέταρτη προβλήτα και το 1966 η πέμπτη προβλήτα. Στο Δυτικό Λιμάνι λειτουργούσε κυρίως η Ελεύθερη Ζώνη.
Το λιμάνι επέκτεινε τα κρηπιδώματα για τη νέα παραλιακή λεωφόρο, κατασκεύασε πλακόστρωτο πεζόδρομο με ηλεκτροφωτισμό και δίκτυο υπονόμων στην νέα χερσαία επιφάνεια. Στην παραλιακή λεωφόρο, ο Δήμος προέβη στην εκτέλεση έργων πρασίνου, ενώ διατέθηκε ο χώρος για την κατασκευή του ξενοδοχείου Μακεδονία Παλλάς. Με τα έργα αυτά η πόλη απέκτησε στο τμήμα αυτό σύγχρονη μορφή αναπτύσσοντας παράλληλα και τις τουριστικές υποδομές της.
Συνοψίζοντας, το λιμάνι την εποχή της ΕΖΛΘ εκσυγχρονίζεται καθώς επενδύονται πολλά εκατομμύρια δραχμές σε τεχνικά έργα και μηχανολογική ανανέωση σε αποθήκες και αποθηκευτικούς χώρους, λιμενικά έργα, γερανούς, γενικότερο τεχνολογικό εξοπλισμό. Ουσιαστικά, ο χώρος αποκτά την σύγχρονη μορφή με το οποίο το γνωρίζουμε μέχρι τώρα, εάν αφαιρέσει κανείς την έκτη προβλήτα. Στο λιμάνι της Θεσσαλονίκης στηρίχθηκε το εκσυγχρονιστικό όραμα για την οικονομική και κοινωνική βελτίωση μέσω της τεχνολογικά εκσυγχρονισμένης αγροτικής και βιομηχανικής παραγωγής και του εξαγωγικού εμπορίου στα πλαίσια μιας κεντρικά οργανωμένης και εθνικά καθετοποιημένης παραγωγικής και συγκοινωνιακής δομής μετά το τέλος του εμφυλίου πολέμου. Γι’ αυτό εξαρχής στελεχώθηκε με προσωπικό της απόλυτης πολιτικής εμπιστοσύνης των νικητών του εμφυλίου πολέμου.
