Με τον ιδρυτικό νόμο του Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης (3341/1926) η Θεολογική Σχολή αναγραφόταν ως η πρώτη σχολή του νεοσυσταθέντος ιδρύματος. Σημαντικό ρόλο στην ίδρυση της Σχολής έπαιξε ο Μητροπολίης Γεννάδιος.Το αίτημα περί σύστασης Θεολογικής Σχολής υποστηρίχθηκε και από τότε Πρύτανη και καθηγητή της Νομικής Περικλή Βιζουκίδη προς τον Πρόεδρο της Δημοκρατίας. Αλέξανδρο Ζαΐμη. Το 1939 στο νόμο 1985 αναφερόταν πως η θεολογική σχολή ήταν μία από τις έξι σχολές του ιδρύματος. Η λειτουργία της σχολής ξεκίνησε με το Ν.Δ. 964/1942. Αυτό όριζε την ίδρυση επτά εδρών. Τον Μάρτιο του 1942 εκλέχτηκαν οι πρώτοι έξι καθηγητές από επιτροπή καθηγητών της Θεολογικής Αθήνας και Θεσσαλονίκης. Όμως τον Σεπτέμβριο του ίδιου έτους η σχολή διέκοψε τη λειτουργία της με αποτέλεσμα να καταργηθεί επί της ουσίας. Τέλος με συντακτική πράξη 34/1945 ανασυστήθηκε..
