Τμήμα Εισαγωγής και Αποταμίευσης ΕΖΘ
Με τον οργανισμό του Β.Δ./1949-1-24, συστήνεται το Τμήμα Εισαγωγής και Αποταμιεύσεως. Ουσιαστικά, αποτελεί ανασύσταση του παλαιού Τμήματος Εμπορευμάτων και Τελών καθώς αναλαμβάνεις τις σχετικές αρμοδιότητες από το Τμήμα Αποθηκεύσεως Εμπορευμάτων ΕΖΘ.
Τμήμα Διοίκησης Εργατικού Δυναμικού ΟΛΘ
Με το ΠΔ 197/9.5.1988 ονομάζεται Τμήμα Διοίκησης Εργατικού Δυναμικού ΟΛΘ υπαγόμενο στην Διεύθυνση Διοικητικού ΟΛΘ.
Με βάση το οργανόγραμμα (Π.Δ. 1925-10-25) συστήνεται «Τμήμα Δικαστικόν ΕΖΘ». Το Τμήμα άρχισε να λειτουργεί από τις 19 Οκτωβρίου 1925 όταν ξεκίνησε η λειτουργία της ΕΖΘ.
Με βάση το οργανόγραμμα του 1929 υπάγεται στην «Εσωτερική Υπηρεσία». Με το νέο οργανόγραμμα (Α.Ν. 962/23-11-1937), το «Δικαστικό Τμήμα» εντάσσεται στην «Διοίκηση», ενώ τελεί υπό την άμεση εποπτεία του Νομικού Συμβούλου της Επιτροπείας. Το 1949 υπάγεται στην «Διεύθυνση». Μετά την συγχώνευση ΕΖΘ και ΛΤΘ υφίσταται πλέον ως «Τμήμα Δικαστικόν ΕΖΛΘ» (1953-1970).
Με το Ν.Δ 449/1970 και το Διάταγμα 1955/12/3, λειτουργεί Τμήμα Α1 Γραμματείας υπαγόμενο στη Διεύθυνση Α Διοικητικών Υπηρεσιών ΟΛΘ. Με το ΠΔ 197/9.5.1988 ονομάζεται Τμήμα Γραμματείας υπαγόμενο στην Διεύθυνση Διοικητικού ΟΛΘ.
Στις 20 Φεβρουαρίου 1930 η Επιτροπεία του Λιμενικού Ταμείου Θεσσαλονίκης παραλαμβάνει τις εγκαταστάσεις, τις υπηρεσίες και το προσωπικό του τελωνειακού λιμένα από τη Γαλλική Εταιρία. Το οργανόγραμμα καθώς και οι υπηρεσίες παραμένουν ίδια. Η Γραμματεία της Γαλλικής Εταιρίας λειτουργεί πλέον ως υπηρεσία του ΛΤΘ. Ο νέος οργανισμός λειτουργίας του ΛΤΘ θα κατατεθεί τον Μάρτιο του 1935 και ένας νέος πληρέστερος στις 16/11/1938. Με βάση αυτόν υπάγεται στη νεοπαγή Υπηρεσία Εκμεταλλεύσεως ΛΤΘ.
Τμήμα Γραμματείας και Προσωπικού ή Διοικητικό ΕΖΘ
Με βάση το Διάταγμα του οργανισμού της ΕΖΘ του 1923 υφίσταται ένας γραμματέας με έναν βοηθό. Με βάση το Π.Δ. 25/10/1925 συστήνεται Γραμματεία της ΕΖΘ. Με βάση το Π.Δ. 11/5/1929 ονομάζεται Τμήμα Γραμματείας και Προσωπικού.
Το Τμήμα Γραμματείας και Προσωπικού άρχισε να λειτουργεί από τις 19 Οκτωβρίου 1925 όταν ξεκίνησε η λειτουργία της ΕΖΘ. Με βάση το οργανόγραμμα του Α.Ν. 962/23-11-1937 μετονομάζεται σε Τμήμα Διοικητικό.
Τμήμα Βιομηχανίας Επιθεώρησης Βιομηχανίας
Με το Ν.Δ 449/1970 και το Διάταγμα 1955/12/3, λειτουργεί το Τμήμα Β2 Ελέγχου ΟΛΘ ως μέρος της Β΄ Διεύθυνσης Οικονομικών Υπηρεσιών .
Τμήμα Αποθηκεύσεως Εμπορευμάτων ή Αποθηκών ΕΖΘ
Με το οργανόγραμμα του Αναγκαστικού Νόμου 962/23.11.1937, συστήνεται Τμήμα Αποθηκεύσεως Εμπορευμάτων ΕΖΘ το οποίο υπάγεται στην Εκμετάλλευση ΕΖΘ. Στο νέο Τμήμα Αποθηκεύσεως Εμπορευμάτων υπάγονται όλες οι υπηρεσίες αποθήκευσης (προσωρινών γενικών Αποθηκών, Κοινών Αποθηκών, Ιδιωτικών Αποθηκών). Με τον οργανισμό του Β.Δ./1949-1-24, μετονομάζεται σε Τμήμα Αποθηκών ΕΖΘ.