Με βάση την απόφαση της Επιτροπείας ΕΖΘ της 1ης Σεπτεμβρίου 1926 και την Ημερήσια Διαταγή υπ. αριθ. 77 στις 2 Σεπτεμβρίου 1926 συστήνεται Τμήμα Ελέγχου ΕΖΘ στο οποίο τοποθετούνται ο Χαράλαμπος Μιχαηλίδης ως προϊστάμενος ενώ παράλληλα παραμένει προϊστάμενος στο Τμήμα Στατιστικής, καθώς και οι Αχιλλέας Γουλιανός και Αριστοτέλης Βέλκος από το Τμήμα Εμπορευμάτων και Τελών και ο Δημήτριος Τριανταφύλλου από το Τμήμα Λογιστικής. Το Τμήμα λειτουργεί ενιαία ως Τμήμα Ελέγχου και Στατιστικής. Με βάση το οργανόγραμμα του Π.Δ.1929-5-11, λειτουργεί Τμήμα Ελέγχου το οποίο υπάγεται στην Εσωτερική Υπηρεσία. Στις 11 Ιουλίου 1929 η Επιτροπεία ΕΖΘ αποφασίζει το διαχωρισμό του Τμήματος Ελέγχου από το Τμήμα Στατιστικής και ο διαχωρισμός υλοποιείται με την Ημερήσια Διαταγή 514. Με βάση το οργανόγραμμα του Α.Ν. 962/23-11-1937 εντάσσεται στη Διοίκηση ΕΖΘ.
