Ο Εμμανουήλ Κανακάκης ήταν ανώτερος αξιωματικός του λιμενικού Σώματος. Κατά τη διάρκεια της Κατοχής θα είναι Πλωτάρχης στο Κεντρικό Λιμεναρχείο Πειραιώς και στη συνέχεια Άντιπλοίαρχος Λιμ. Προξενικός Λιμενάρχης στο ΥΕΝ Καΐρου. Στο 1938 ήταν υπολιμενάρχης στο Κεντρικό Λιμεναρχείο Θεσσαλονίκης. Ο Κανακάκης Εμμανουήλ συμμετείχε στην έκτη περίοδο επιτροπείας ΕΖΘ ως αναπληρωτής του εκπροσώπου του Κεντρικού Λιμεναρχείου Κλήρη Σίμου. Συγκεκριμένα, αναπληρώνει για πρώτη φορά στις 10 Ιουνίου 1938 έως και τις 15 Ιουνίου 1938 και ακολουθούν αναπληρώσεις από τον Κανακάκη έως και τις 20 Μαρτίου 1939. Στην τέταρτη περίοδο επιτροπείας ΛΤΘ αναπληρώνει τον λιμενάρχη στις 16 Μαΐου 1938 του Λιμενάρχη Θαλασσινού.
