Το πρώτιστο μέλημα μετά την ανάληψη των καθηκόντων του νέου ΔΣ στις 5 Δεκεμβρίου 1953 ήταν η αναζήτηση και η επιλογή κατάλληλου προσώπου για την πλήρωση της θέσης του γενικού Διευθυντή. Σύμφωνα με τον ιδρυτικό νόμο, ο γενικός Διευθυντής είναι το τρίτο όργανο της Διοίκησης μετά το Διοικητικό Συμβούλιο και την Εκτελεστική Επιτροπή. Έχει τέτοιο χαρακτήρα η θέση του ώστε είναι αδύνατη η κίνηση των Υπηρεσιών χωρίς τη σύμπραξή του. Ο Γενικός Διευθυντής διαδραματίζει ενεργό και πρωτεύοντα ρόλο στη Διοίκηση γιατί βρίσκεται στην κορυφή της διοικητικής πυραμίδας, αλλά και επειδή σύμφωνα με το νόμο αναλαμβάνει σημαντικές αρμοδιότητες οι οποίες τον καθιστούν σοβαρό όργανο για την άσκηση της Διοίκησης.
Το νέο ΔΣ ορίζει προσωρινό αναπληρωτή γενικό διευθυντή τον Χαράλαμπο Μιχαηλίδη, διευθυντή της τέως ΕΖΘ για τις αρμοδιότητες της ΕΖΘ και τον διευθυντή του ΛΤΘ Σωτήριο Κουκίδη για τις αρμοδιότητες του τέως ΛΤΘ. Στις 21 Δεκεμβρίου 1953 συζητήθηκε το θέμα του ορισμού αναπληρωτή Γενικού Διευθυντή. Προτάθηκε ο ορισμός ενός προσωρινού Γενικού Διευθυντή από τα μέλη της Επιτροπείας. αρχικά μάλιστα προτάθηκε ο πολιτικός μηχανικός και εκπρόσωπος του ΤΕΕ Ηρακλής Λευκόπουλος, τελικά όμως ανέλαβε ο κεντρικός Λιμενάρχης Μιχαήλ Σακάρης. Κατά την ψηφοφορία μειοψήφησε ο πρόεδρος Σταύρος Αντωνιάδης με το σκεπτικό ότι οι δύο ιδιότητες είναι ασύμβατες. Το ζήτημα του γενικού Διευθυντή θα απασχολήσει το ΔΣ σε πολλές συνεδριάσεις. Αρχικά αποφασίστηκε να παραχωρηθούν κάποιες εκτελεστικές αρμοδιότητες στον Διευθυντή της ΕΖΘ Χαράλαμπο Μιχαηλίδη. Στη συνέχεια το θέμα απασχόλησε τη συνεδρίαση στην οποία ήταν παρών ο Κωνσταντίνος Καραμανλής, υπουργός Δημοσίων Έργων. Ο υπουργός πρότεινε το ΔΣ να εισηγηθεί υποψηφίους και με βάση αυτήν την πρόταση τα αρμόδια υπουργεία να αποφασίσουν το διορισμό του, ενώ συμβούλεψε αύξηση των αποδοχών μέσω της αύξησης των αποζημιώσεων κινήσεως. Αποφασίστηκε η αποζημίωση να είναι 3 ή 3,5 εκατομμύρια και τα έξοδα κίνησης περί των 2 εκατομμυρίων το έτος. Στις 13 Ιανουαρίου 1954, το ΔΣ έφερε ως πρόταση τους Νικόλαο Σταυρόπουλο, και τον Απόστολο Αηδονά. Ο πρώτος ήταν πρώην Διευθυντή της Οθωμανικής Τράπεζας, είχε αναπτύξει έντονη κοινωνική δράση και εκείνη την περίοδο ήταν εκκαθαριστής της Τράπεζας Χίου. Τα προσόντα του θεωρούνται γνωστά και ο ίδιος "φλέγεται από την επιθυμίαν του υπηρετείν." Βέβαια, όπως σημειώνεται από τον πρόεδρο Αντωνιάδη στο ΔΣ, δεν διαθέτει λιμενικές γνώσεις, ενώ πιθανόν η αποζημίωση να φανεί μικρή στον Σταυρόπουλο. Ο δεύτερος ήταν τότε τέως βουλευτής Θεσσαλονίκης και είχε ήδη διατελέσει επιθεωρητής της ΔΕΘ. Ο Αντωνιάδης αναφέρει πως τον γνωρίζει προσωπικά: "είναι νέος με ηθικά προσόντα και τιμιότητα". Ο πρόεδρος του εξέθεσε το ζήτημα του μισθού και του όγκου των εργασιών σε ένα τόσο μεγάλο οργανισμό. Ο Αηδονάς απάντησε ότι φιλοδοξεί να "να ειργασθή ως θεσσαλονικεύς και να υπηρετήση τον Λιμένα του τόπου του. Αναγνωρίζει ότι ο αγών θα είναι τραχύς και ετόνισεν ότι θα αφιερώσει και θα καταβάλη μάλιστα όλας του τας ικανότητας εάν ετιμάτο με το αξίωμα του γενικού Διευθυντού". Ο πρόεδρος ζήτησε την άποψη και του Υπουργού Δημοσίων ¨Εργων και του Γενικού Διοικητή Βορείου Ελλάδας. Αυτοί αρνήθηκαν να επέμβουν στο θέμα για να υπάρχει αποκλειστική ευθύνη του ΔΣ. Συγκεκριμένα, προσπάθησε να εκμαιεύσει κάποια γνώμη, αλλά δεν τα κατάφερε. Ωστόσο, τείνει να πιστεύει πως θα έβλεπαν ευμενώς την εκλογή του Αηδονά. Επίσης, ο Σταυρόπουλος κατοικεί στην Αθήνα. Οι Πετρίδης, κύρτσης και Λευκόπουλος πρότειναν αναβολή της συζήτησης του θέματος, αλλά η πρόταση δεν εγκρίθηκε και τελικά υπερψηφίστηκε ο Απόστολος Αηδονάς. Ουσιαστικά, η ΕΖΛθ θα αποκτήσει Γενικό Διευθυντή μόλις τρεις μήνες μετά τη συγχώνευση των δύο οργανισμών. Η εκλογή του Α. Αηδονά θα θεωρηθεί επιτυχής από το ΔΣ και η συνδρομή του στο έργο της Διοίκησης αξιόλογη και η συνεργασία με το ΔΣ θα χαρακτηριστεί αρμονική.
