Τμήμα Κινήσεως Εμπορευμάτων και Τελών ΕΖΘ
Με βάση το Π.Δ. 25/10/1925 συστήνεται Τμήμα Εμπορευμάτων και Τελών. Με βάση το Π.Δ. 11/5/1929 ονομάζεται Τμήμα Κινήσεως Εμπορευμάτων και Τελών. Επίσης, υπάρχει η δυνατότητα εάν οι ανάγκες της υπηρεσίας το απαιτούν να χωριστεί σε δύο τμήματα. Με βάση τον Α.Ν. 962/23-11-1937, το Τμήμα παύει να υφίσταται και οι λειτουργίες του μεταφέρονται στο Τμήμα Μεταφορών και το Τμήμα Αποθηκεύσεως.
Ιδιωτικές Αποθήκες και Επαληθεύσεις ΕΖΘ
Με βάση το νέο οργανισμό της ΕΖΘ (Π.Δ. 11/5/1929), συγκροτήθηκε η Υπηρεσία Ιδιωτικών Αποθηκών και Επαληθεύσεων ΕΖΘ και υπάγεται στην Εξωτερική Υπηρεσία ΕΖΘ. Με το οργανόγραμμα του Αναγκαστικού Νόμου 962/23.11.1937, η Υπηρεσία Ιδιωτικών Αποθηκών και Επαληθεύσεων ΕΖΘ μετονομάζεται σε Γραφείο Ιδιωτικών Αποθηκών και υπάγεται
στο νέο Τμήμα Αποθηκεύσεως Εμπορευμάτων ΕΖΘ. Με τον οργανισμό του Β.Δ./1949-1-24, το Τμήμα Αποθηκεύσεως Εμπορευμάτων μετονομάζεται σε Τμήμα Αποθηκών ΕΖΘ, αλλά τα Γραφεία παύουν να συνιστούν διακριτές μονάδες στο οργανόγραμμα. Ωστόσο, μάλλον συνεχίζουν να λειτουργούν.
Με βάση το νέο οργανισμό της ΕΖΘ (Π.Δ. 11/5/1929), συγκροτήθηκε η Υπηρεσία Αποθήκη Υλικού ΕΖΘ η οποία αποτελεί ανεξάρτητη υπηρεσία από τα άλλα τμήματα. Με το οργανόγραμμα του Α.Ν. 962/23.11.1937, παύει να υφίσταται ως αυτόνομη υπηρεσία και ενσωματώνεται στη νέα Υπηρεσία Ακινήτων και Υλικού.
Με βάση τον Α.Ν. 962/23-11-1937 συγκροτείται η Διοίκηση ΕΖΘ καθώς η ΕΖΘ διαιρείται πλέον σε Διοίκηση και Εκμετάλλευση. Η Διοίκηση διαδέχεται ουσιαστικά την Εσωτερική Υπηρεσία και η Εκμετάλλευση την Εξωτερική Υπηρεσία. Με τον οργανισμό του Β.Δ./1949-1-24 καταργείται εντελώς αυτή η δομή που διαχωρίζει τον οργανισμό σε δύο μεγάλες διοικήσεις.
Υπηρεσία Μελετών και Επιθεωρήσεως ΕΖΘ
Με τον οργανισμό του Β.Δ./1949-1-24, συστήνεται διακριτή Υπηρεσία Μελετών και Επιθεωρήσεως η οποία αναλαμβάνει τις σχετικές αρμοδιότητες της παλαιότερης Υπηρεσίας Στατιστικής και μελετών και εξαρτάται απευθείας από το Διευθυντή και τον Πρόεδρο της Επιτροπείας ΕΖΘ.
Στατιστική Γαλλικής Εταιρίας Εκμεταλλεύσεως Λιμένος Θεσσαλονίκης
Στις 16/1/1905, η Ανώνυμος Οθωμανική Εταιρεία Κατασκευής του Λιμένος Θεσσαλονίκης με απόφαση της Γενικής Συνέλευσης των μετόχων μετονομάστηκε σε Société ottomane d’exploitation du port de Salonique (Ανώνυμος Οθωμανική Εταιρεία Εκμεταλλεύσεως του Λιμένος Θεσσαλονίκης). (Gil Blas, 13/1/1/1905, 11/2/1905) Τότε λογικά συστάθηκε η Στατιστική της Εταιρίας η οποία υπάγεται στην Εσωτερική Υπηρεσία. Στις 19/2/1930 με μια τελετή παράδοσης οι υπηρεσίες της Γαλλικής Εταιρίας μεταφέρθηκαν στο νεοσύστατο Λιμενικό Ταμείο Θεσσαλονίκης (ΛΤΘ)