Με βάση τον Α.Ν. 962/23-11-1937 συγκροτείται η Εκμετάλλευση ΕΖΘ καθώς η ΕΖΘ διαιρείται πλέον σε Διοίκηση και Εκμετάλλευση. Η Εκμετάλλευση διαδέχεται ουσιαστικά την Εξωτερική Υπηρεσία και η Διοίκηση την Εσωτερική Υπηρεσία. Με τον οργανισμό του Β.Δ./1949-1-24 καταργείται εντελώς αυτή η δομή που διαχωρίζει τον οργανισμό σε δύο μεγάλες διοικήσεις.
Με βάση τον Α.Ν. 962/23-11-1937 συστήνεται Τμήμα Λογιστικό ΕΖΘ υπαγόμενο στο Τμήμα Διοικητικό. Το Τμήμα Λογιστικό φέρει βασικά τις λειτουργίες του παλαιού Τμήματος Λογιστηρίου.
Γραφείο Φορτοεκφορτώσεως Ξηράς ΕΖΘ
Με το οργανόγραμμα του Αναγκαστικού Νόμου 962/23.11.1937, συστήνεται το Γραφείο Φορτοεκφορτώσεως Ξηράς ΕΖΘ το οποίο υπάγεται στο Τμήμα Μεταφορών ΕΖΘ. Το Γραφείο αναλαμβάνει και τις αρμοδιότητες της Υπηρεσίας Σιδηροδρομικής Κινήσεως η οποία καταργήθηκε.
Τμήμα Αποθηκεύσεως Εμπορευμάτων ή Αποθηκών ΕΖΘ
Με το οργανόγραμμα του Αναγκαστικού Νόμου 962/23.11.1937, συστήνεται Τμήμα Αποθηκεύσεως Εμπορευμάτων ΕΖΘ το οποίο υπάγεται στην Εκμετάλλευση ΕΖΘ. Στο νέο Τμήμα Αποθηκεύσεως Εμπορευμάτων υπάγονται όλες οι υπηρεσίες αποθήκευσης (προσωρινών γενικών Αποθηκών, Κοινών Αποθηκών, Ιδιωτικών Αποθηκών). Με τον οργανισμό του Β.Δ./1949-1-24, μετονομάζεται σε Τμήμα Αποθηκών ΕΖΘ.
Τμήμα Φορτοεκφορτώσεων Ξηράς και Θαλάσσης ΕΖΘ
Με τον οργανισμό του Β.Δ./1949-1-24, συστήνεται αυτόνομο Τμήμα Φορτοεκφορτώσεων Ξηράς και Θαλάσσης ΕΖΘ το οποίο αναλαμβάνει τις αρμοδιότητες των παλιών Γραφείων Φορτοεκφορτώσεων Ξηράς και Φορτοεκφορτώσεων Θαλάσσης από το Τμήμα Μεταφορών το οποίο ωστόσο διατηρείται ως αυτόνομο.
Γραφείον Λιμενικών Δικαιωμάτων Γαλλικής Εταιρίας Εκμεταλλεύσεως Λιμένος Θεσσαλονίκης
Στις 16/1/1905, η Ανώνυμος Οθωμανική Εταιρεία Κατασκευής του Λιμένος Θεσσαλονίκης με απόφαση της Γενικής Συνέλευσης των μετόχων μετονομάστηκε σε Société ottomane d’exploitation du port de Salonique (Ανώνυμος Οθωμανική Εταιρεία Εκμεταλλεύσεως του Λιμένος Θεσσαλονίκης). (Gil Blas, 13/1/1/1905, 11/2/1905) Τότε λογικά συστάθηκε Γραφείον Λιμενικών Δικαιωμάτων της Εταιρίας το οποίο υπάγεται στην Εσωτερική Υπηρεσία. Στις 19/2/1930 με μια τελετή παράδοσης οι υπηρεσίες της Γαλλικής Εταιρίας μεταφέρθηκαν στο νεοσύστατο Λιμενικό Ταμείο Θεσσαλονίκης (ΛΤΘ)
Στις 20 Φεβρουαρίου 1930 η Επιτροπεία του Λιμενικού Ταμείου Θεσσαλονίκης παραλαμβάνει τις εγκαταστάσεις, τις υπηρεσίες και το προσωπικό του τελωνειακού λιμένα από τη Γαλλική Εταιρία. Το οργανόγραμμα καθώς και οι υπηρεσίες παραμένουν ίδια. Η Εξωτερική Υπηρεσία της Γαλλικής Εταιρίας λειτουργεί πλέον ως υπηρεσία του ΛΤΘ με δύο υπηρεσίες, την Υπηρεσία Υδρεύσεως και Γερανών και την Υπηρεσία Φορτοεκφορτώσεως. Ο νέος οργανισμός λειτουργίας του ΛΤΘ θα κατατεθεί τον Μάρτιο του 1935 και οι δύο υπηρεσίες αυτονομούνται, η Υπηρεσία Υδρεύσεως και Γερανών και η Υπηρεσία Φορτοεκφορτώσεως. Με βάση τον "Οργανισμό Υπηρεσιών του ΛΤΘ" (16/11/1938), η Εξωτερική Υπηρεσία υπάγεται στην Υπηρεσία Βεβαιώσεως Συμβατικών Λιμενικών Δικαιωμάτων και Τελών ΛΤΘ.
Στις 20 Φεβρουαρίου 1930 η Επιτροπεία του Λιμενικού Ταμείου Θεσσαλονίκης παραλαμβάνει τις εγκαταστάσεις, τις υπηρεσίες και το προσωπικό του τελωνειακού λιμένα από τη Γαλλική Εταιρία. Το οργανόγραμμα καθώς και οι υπηρεσίες παραμένουν ίδια. Η Γραμματεία της Γαλλικής Εταιρίας λειτουργεί πλέον ως υπηρεσία του ΛΤΘ. Ο νέος οργανισμός λειτουργίας του ΛΤΘ θα κατατεθεί τον Μάρτιο του 1935 και ένας νέος πληρέστερος στις 16/11/1938. Με βάση αυτόν υπάγεται στη νεοπαγή Υπηρεσία Εκμεταλλεύσεως ΛΤΘ.
Στα 1930, η Επιτροπεία αναμένει από το Υπουργείο το νέο οργανισμό λειτουργίας, καθώς δεν προβλέπεται η θέση διευθυντή και για αυτό το λόγο καθυστερεί ο διορισμός μέχρι να βρεθεί νομικός τρόπος. Για την θέση προτάθηκε ο Μιχαήλ Καλογερόπουλος, χωρίς τελικά η πρόσληψη να προχωρήσει. Το θέμα της πρόσληψης Διευθυντή θα επανέλθει στα τέλη του 1933. Ενώ σε άλλα Λιμενικά Ταμεία δεν προβλέπεται τέτοια θέση, θεωρείται πως η περίπτωση του ΛΤΘ είναι ιδιαίτερη λόγω του προνομίου της εκμετάλλευσης του λιμένα. Επίσης, η νομοθεσία για τα λιμενικά ταμεία και ιδιαίτερα για το ΛΤΘ θεωρείται ατελής, ώστε να στηρίζονται σε αυτήν. Επιπλέον, το ΛΤΘ βαρύνεται με πολύ μεγαλύτερο όγκο εργασίας σε σχέση με άλλα μεγάλα λιμενικά ταμεία της χώρας. Τελικά, αποφασίστηκε ο διορισμός διευθυντή με πλειοψηφία 8-4. Η μειοψηφία έκρινε περιττή τη θέση με το επιχείρημα ότι το ΛΤΘ λειτουργεί εξαιρετικά. Η Επιτροπεία θεώρησε ως αναγκαία προσόντα για τη θέση την καλή γνώση της γαλλικής γλώσσας, απολυτήριο Γυμνασίου ή πτυχίο Δημόσια; Εμπορικής Σχολής και πολυετή κοινωνική δράση. Ο μηνιαίος μισθός ορίστηκε τα 7000 δρχ.
Δεν υπήρξε δημόσια προκήρυξη της θέσης με το σκεπτικό ότι σε μια τέτοια περίπτωση θα δέχονταν εκατοντάδες αιτήσεις με αποτέλεσμα να οδηγηθούν σε αδιέξοδο. Ο μόνος που διαφώνησε με τη λογική αυτή ήταν ο αντιπρόεδρος Σασαγιάννης, αλλά η πρότασή του έλαβε τρεις ψήφους έναντι 8. Ο μοναδικός υποψήφιος ήταν ο δημοσιογράφος της εφημερίδας Μακεδονικά Νέα, βουλευτής μέχρι το 1932 της βενιζελικής παράταξης και παράγοντας του Άρη, Πέτρος Λούβαρης. Η πρόσληψη του νέου Διευθυντή έγινε στις 7 Φεβρουαρίου 1934. Το 1935, του δόθηκε γενναία αύξηση, συνολικά λάμβανε 10000 μηνιαίως, διότι είχε επιβαρυνθεί με επιπλέον φόρτο εξαιτίας της προσεχούς έναρξης των έργων.
Ο Σωτήριος Κουκίδης διετέλεσε Διευθυντής επί μακρά περίοδο. Προσλήφθηκε στο ΛΤΘ στη 1 Μαρτίου 1936. Στις 12 Αυγούστου 1942 ανέλαβε τα καθήκοντα του Διευθυντή Εκμετάλλευσης του ΛΤΘ. Στις 20 Δεκεμβρίου 1944 απομακρύνθηκε από τη Διεύθυνση Εκμετάλλευσης του ΛΤΘ κατόπιν διαταγής της Διοικητικής Επιτροπής Μακεδονίας. Στις 24 Ιανουαρίου 1945 αναλαμβάνει εκ νέου καθήκοντα του Διευθυντή Εκμετάλλευσης ΛΤΘ. Με τη συγχώνευση ΛΤΘ και ΕΖΘ συνέχισε να είναι διευθυντής ΛΤΘ μέχρι την αλλαγή του οργανογράμματος με αυτή την ιδιότητα συμμετέχει στις Συνεδριάσεις της ΕΖΛΘ.
Για τη θέση του Διευθυντή της ΕΖΘ, η επιτροπεία δέχθηκε τέσσερις αιτήσεις. Τελικά εγκρίθηκε η πρόσληψη του Διονουσίου Βάλσαμου από 1/8/1924 με το σκεπτικό ότι διαθέτει εξαίρετες συστάσεις από τον πρώην υπουργό Εθνικής Οικονομίας Ανδρέα Χατζηκυριάκο και Ηλιάκου Γενικού Διευθυντή της Τραπέζης Αθηνών, Αδαμίδη, πρώην Γενικό Διευθυντή Τραπέζης Αθηνών Θεσσαλονίκης, Μιλτιάδη Νεγρεπόντη, πρώην υπουργό Οικονομικών. Ξεκίνησε την εργασία του από 1η Οκτωβρίου1924. Ο Διονύσιος Βάλσαμος μετά από μια επιτυχημένη και ενεργή συμμετοχή στη λειτουργία της ΕΖΘ παραιτήθηκε στις 31 Μαρτίου 1927. Την 1η Απριλίου 1927 ανέλαβε διευθυντής της ΕΖΘ με βάση την απόφαση της Επιτροπείας ΕΖΘ στις 23 Μαρτίου 1927 με μηνιαίο μισθό 12000 δρχ. και επιμίσθιο 2000 δρχ. Στις 9 Μαΐου 1935 απολύθηκε από την υπηρεσία με απόφαση της Επιτροπείας ΕΖΘ (αριθμός απόφασης 1283). Στις 26 Φεβρουαρίου 1936 επανήλθε στην υπηρεσία και ανέλαβε τα καθήκοντά του. Στις 16 Ιανουαρίου 1946 αποχώρησε από την υπηρεσία επειδή συμπλήρωσε το όριο ηλικίας. Το καλοκαίρι του 1926, η Επιτροπεία αναζήτησε ένα πρόσωπο για τη θέση του υποδιευθυντή της ΕΖΘ. Αφού εξετάστηκαν πολλοί, στις 30 Ιουνίου 1926 επιλέχθηκε ο Ν. Τότσιος, ο οποίος ακόμη ήταν νομάρχης. Κρίθηκε «ως κατάλληλος δια την αρτία μόρφωση αλλά και την διοικητική του πείρα και ικανότητα». Ο Τότσιος αποδέχεται τον διορισμό. Ο μισθός του υποδιευθυντή ορίστηκε, ενώ τα καθήκοντά του και οι δικαιοδοσίες του θα κανονίζονταν λεπτομερώς στον κανονισμό του οργανισμού. Άμεσα, μάλιστα Τότσιος θα αναλάβει την αναπλήρωση του Διευθυντή Δ. Βάλσαμου ο οποίος θα απουσιάσει σχεδόν ταυτόχρονα με την πρόσληψη του Τότσιου υπογράφοντας «αντ‘ αυτού όλα τα έγγραφα». Ανέλαβε καθήκοντα την 1η Σεπτεμβρίου 1926 με απόφαση στις 30 Ιουνίου 1926. Στις 12 Μαρτίου 1935 απολύθηκε από την υπηρεσία με απόφαση της Επιτροπείας της ΕΖΘ ως φιλοβενιζελικός. Στις 26 Φεβρουαρίου 1936 αφού επανήλθε στην υπηρεσία. Στις 16 Ιανουαρίου 1946 ανέλαβε προσωρινά χρέη διευθυντή, ενώ 24 Απρίλη 1946 προήχθη σε διευθυντή κατόπιν σχετικής απόφασης της Επιτροπείας ΕΖΘ. Στις 5 Φεβρουαρίου 1953 συνταξιοδοτήθηκε. Ο Χαράλαμπος Μιχαηλίδης προσλήφθηκε στην ΕΖΘ ως λογιστής στο Τμήμα Λογιστηρίου στις 19 Σεπτεμβρίου 1925. Στις 24 Ιουλίου 1941 ανέλαβε αναπληρωτής του υποδιευθυντή όταν αυτός θα απουσιάζει. Στις 12 Απριλίου 1950 άσκησε προσωρινά τα καθήκοντα του υποδιευθυντή μέχρι τις 17 Απριλίου 1950, όπως ξανά στις 26 Μαΐου 1950. Στις 7 Σεπτεμβρίου 1950 θα αναλάβει υποδιευθυντής. Στις 7 Φεβρουαρίου 1953 θα αναλάβει διευθυντής της ΕΖΘ. Με τη συγχώνευση ΕΖΘ και ΛΤΘ παραμένει Διευθυντής της Ελευθέρας Ζώνης στο νέο οργανισμό.