Οι Στρατιωτικές Φυλακές Θεσσαλονίκης αποτέλεσαν έναν από τους βασικούς χώρους κράτησης στρατιωτικών κρατουμένων στη Βόρεια Ελλάδα, λειτουργώντας υπό τη δικαιοδοσία του Υπουργείου Εθνικής Άμυνας και σε στενή διασύνδεση με το Στρατοδικείο Θεσσαλονίκης. Ιδρύθηκαν στις αρχές του 20ού αιώνα, πιθανότατα μετά την απελευθέρωση της πόλης το 1912, και φιλοξενούσαν στρατιώτες και στελέχη των Ενόπλων Δυνάμεων που κατηγορούνταν ή είχαν καταδικαστεί για παραπτώματα όπως λιποταξία, ανυποταξία, απείθεια, παράβαση πειθαρχίας ή άλλα στρατιωτικά αδικήματα. Οι φυλακές λειτούργησαν καθ’ όλη τη διάρκεια του 20ού αιώνα και ιδίως στις περιόδους έντασης, όπως η Κατοχή, ο Εμφύλιος και η δικτατορία, αποτέλεσαν τόπο κράτησης όχι μόνο για πειθαρχικά παραπτώματα, αλλά και για πολιτικά φρονήματα στρατευμένων. Στεγάζονταν σε εγκαταστάσεις εντός στρατιωτικής ζώνης, υπό αυστηρό καθεστώς φρούρησης, και οι κρατούμενοι συχνά τελούσαν υπό στρατιωτική διοικητική εξουσία, χωρίς τα πλήρη δικαιώματα που θα παρείχε το κοινό ποινικό δίκαιο. Μετά τη Μεταπολίτευση, οι Στρατιωτικές Φυλακές Θεσσαλονίκης συνέχισαν να λειτουργούν στο πλαίσιο της στρατιωτικής ποινικής δικαιοσύνης, αλλά με περισσότερες εγγυήσεις σε σχέση με το παρελθόν, μέχρι τη σταδιακή μείωση της σημασίας τους λόγω της ευρύτερης μεταρρύθμισης της στρατιωτικής δικαιοσύνης.
