Το Στρατοδικείο Θεσσαλονίκης αποτελεί έναν από τους βασικούς στρατιωτικούς δικαστικούς θεσμούς της χώρας, υπαγόμενο διοικητικά στο Υπουργείο Εθνικής Άμυνας και ειδικότερα στη Διεύθυνση Στρατιωτικής Δικαιοσύνης.
Το Στρατοδικείο Θεσσαλονίκης ιδρύθηκε επισήμως κατά την περίοδο των Βαλκανικών Πολέμων, και συγκεκριμένα λειτούργησε για πρώτη φορά το 1912, αμέσως μετά την απελευθέρωση της πόλης από τον ελληνικό στρατό (26 Οκτωβρίου 1912).
Μετά το 1965, διαδραμάτισε καίριο ρόλο στην επιβολή της στρατιωτικής πειθαρχίας και στην εκδίκαση αδικημάτων που τελούνταν από στρατιωτικούς ή σχετίζονταν με την παραβίαση στρατιωτικών διατάξεων. Το δικαστήριο είχε δικαιοδοσία επί υποθέσεων όπως η λιποταξία, η ανυποταξία, η ανυπακοή, η προσβολή στρατιωτικών συμβόλων και γενικά κάθε πράξη που θεωρούνταν ασύμβατη με την πειθαρχία και την ηθική του στρατεύματος. Κατά την περίοδο της δικτατορίας (1967–1974), το Στρατοδικείο Θεσσαλονίκης απέκτησε ενισχυμένο θεσμικό ρόλο και χρησιμοποιήθηκε ως εργαλείο καταστολής της πολιτικής ανυπακοής, ιδίως εντός των Ενόπλων Δυνάμεων. Δεν ήταν σπάνιο να δικάζονται στρατευμένοι πολίτες ή οπλίτες για πολιτικά φρονήματα, τα οποία προβάλλονταν ως παραπτώματα πειθαρχίας ή ως υπονομευτικές ενέργειες. Το Στρατοδικείο λειτουργούσε με διαρκή σύνθεση στρατιωτικών δικαστών και εξέδιδε αποφάσεις που συχνά επικυρώνονταν ή αναθεωρούνταν από το Αναθεωρητικό Στρατοδικείο Αθηνών. Μετά τη Μεταπολίτευση και ιδίως με το Σύνταγμα του 1975, το Στρατοδικείο Θεσσαλονίκης συνέχισε να λειτουργεί ως πρωτοβάθμιο στρατιωτικό δικαστήριο, αλλά οι διαδικασίες του σταδιακά προσαρμόστηκαν στα πρότυπα της πολιτικής δικαιοσύνης, με ενίσχυση των εγγυήσεων δίκαιης δίκης και υπεράσπισης. Παρά τη διατήρηση του στρατιωτικού χαρακτήρα της δικαιοδοσίας του, το έργο του υπόκειται σε έλεγχο νομιμότητας, ενώ οι αποφάσεις του δύνανται να προσβληθούν σε δεύτερο βαθμό. Το Στρατοδικείο εξακολουθεί να εδρεύει στη Θεσσαλονίκη, εξυπηρετώντας στρατιωτικές μονάδες της Βόρειας Ελλάδας, και στο παρελθόν συνδεόταν λειτουργικά με τις στρατιωτικές φυλακές της πόλης.