Με βάση το οργανόγραμμα του 1925 (Ν.Δ. 1925-10-25) συστήνεται «Τμήμα Λογιστηρίου ΕΖΘ». Το Τμήμα άρχισε να λειτουργεί από τις 19 Οκτωβρίου 1925 όταν ξεκίνησε η λειτουργία της ΕΖΘ. Με το νέο οργανισμό της ΕΖΘ (Π.Δ.1929-5-11), το Τμήμα Λογιστηρίου υπάγεται στην «Εσωτερική Υπηρεσία», ενώ αναλαμβάνει τον έλεγχο του Γραφείου Κομιστικής. Με βάση το οργανόγραμμα του Α.Ν. 962/23-11-1937 μετονομάζεται σε Γραφείο Λογιστηρίου ΕΖΘ υπαγόμενο στο Τμήμα Λογιστικό ΕΖΘ, ενώ το Γραφείο Κομιστικής Υπάγεται στο Τμήμα Μεταφορών.