Το Κεντρικό Λιμεναρχείο Θεσσαλονίκης αποτελεί μία εκ των κορυφαίων Λιμενικών Αρχών της Ελλάδας, με μακρά ιστορία στην επιτήρηση και διαχείριση του λιμένος Θεσσαλονίκης και της ευρύτερης θαλάσσιας περιοχής. Ιδρύθηκε στο πλαίσιο της οργάνωσης του Λιμενικού Σώματος - Ελληνικής Ακτοφυλακής και έχει εξελιχθεί διαχρονικά σε κεντρικό πυλώνα για τη θαλάσσια ασφάλεια και την εφαρμογή της ναυτικής νομοθεσίας στη Βόρεια Ελλάδα.
Μετά την αναδιάρθρωση των Λιμενικών Αρχών (στο πλαίσιο της νομοθεσίας "Καλλικράτης" για τους Δήμους και τις Κοιθνότητες), η δικαιοδοσία του Κ.Λ.Θ. επεκτάθηκε δραματικά. Αν και η ονομασία και η έδρα του παρέμειναν αμετάβλητες, οι αρμοδιότητές του και ο γεωγραφικός του χώρος ευθύνης τετραπλασιάστηκαν. Πλέον λειτουργεί ως ένα Υπερ-Λιμεναρχείο, εποπτεύοντας Λιμενικά Τμήματα και Φυλάκια σε τρεις διαφορετικούς νομούς (Θεσσαλονίκης, Πιερίας, και μέρος της Χαλκιδικής), με σημαντικές αυξήσεις στον όγκο εργασίας σε όλους τους τομείς. Η διεύρυνση αυτή, ωστόσο, δεν συνοδεύτηκε από αντίστοιχη αύξηση της οργανικής σύνθεσης ή των επιχειρησιακών μέσων.