Το Β’ Τελωνείο Εισαγωγής και Εξωτερικής Υπηρεσίας Θεσσαλονίκης είναι αυτοτελές τελωνείο Α’ τάξης, με δική του διαχείριση και όλες τις λειτουργίες ενός τελωνείου Α’ τάξης, εκτός από τις υπηρεσίες μεταφοράς και εξαγωγής, αποταμίευσης, ταχυδρομικών δεμάτων και διαχείρισης αζήτητων εμπορευμάτων.
Περιλαμβάνει τμήματα διοικητικής διαχείρισης εισαγωγών, ταμείο και άλλες σχετικές υπηρεσίες, καθώς και χώρους αποσκευών και συστημένων αντικειμένων.
Στο τελωνείο αυτό καταγράφονται οι διασαφήσεις και λοιπά έγγραφα με αύξοντα αριθμό, και επισημαίνονται με τη σφραγίδα του γράμματος Β’.